La historia relata la primera utilización del estero llamado Puerto Pilo, después Puerto Machala (1783-1860) que sirvió como antiguo atracadero de embarcaciones y fue el eslabón para los primeros comerciantes entre Machala y Guayaquil.

Ante el auge cacaotero y por la sedimentación de Puerto Pilo, “el desarrollo portuario de Machala” era una necesidad “imperiosa” pues sus autoridades consideraron buscar otro lugar para un nuevo puerto que brindara mejores facilidades para el embarque y desembarque de pasajeros y mercancías desde y hacia la Isla Puná y Guayaquil.

El Cabildo Machaleño resolvió formar un nuevo Puerto frente a la Isla Jambelí (1861-1883) Puerto Huaylá como se denominó al nuevo Puerto.

En 1879 el Concejo de Machala decide construir un muelle en el Puerto de Huaylá.

El 18 de diciembre de 1883 se procede a inaugurar el Puerto de Bolívar que hasta entonces se denominaba Puerto Huaylá, además de levantar un acta inaugural del tendido de la línea férrea que llegaría hasta Machala.

El 13 de abril de 1887, se logró habilitar a Puerto Bolívar como Puerto Mayor de la República, se contrata la construcción de un muelle de hierro con terminal de ferrocarril, una grúa móvil de acero y bronce, un torreón de hierro con reflectores. El 9 de mayo de 1902, se dio inicio a la operación del MUELLE MUNICIPAL DE CABOTAJE, que junto al ferrocarril constituyó el primer enlace intermodal de transporte entre El Oro y Guayas.

El desarrollo agrícola de la Provincia especialmente en el banano, dio un nuevo giro a la economía y a la necesidad de nuevos muelles para la transportación marítima a los mercados de ultramar; entre los años 1964 y 1968, se construye el muelle de espigón y sus obras complementarias.

En 1970 se crea la Autoridad Portuaria de Puerto Bolívar, para que se encargue de la operación y administración del Puerto Marítimo Internacional, mediante decreto ejecutivo No. 1043 del 28 de Diciembre de 1970, firmado por el entonces presidente Constitucional Dr. José María Velasco Ibarra y publicado en el R.O. 147 de enero 22 de 1971. Las operaciones se inician en marzo 05 de 1971.

En el año 1984, se incrementan las líneas de atraque con el nuevo muelle marginal de 360 metros de largo, que junto al antiguo, permite el atraque simultáneo de cuatro naves.

En la actualidad Puerto Bolívar pone a proa al progreso con la construcción de su moderno terminal multipropósito de 240 metros por 100 de plataforma, estructura que contará con todas las facilidades en equipos de grúas de pórtico y que permitirán el arribo de naves de hasta 14,00 metros en la más baja marea.